Сюжет первой части игры, «The First Encounter» (официальное русское название — «Первая кровь») повествует о неком открытии, данном человечеству, в виде заложенного в землю Египта артефакта могущественной цивилизации Сириус. С его помощью, люди продвинулось в прогрессе, однако наткнулось на беспощадную расу инопланетян во главе с их предводителем Менталом, уничтожающих все на своём пути.

Спустя годы, ученые обнаруживают древний артефакт под названием «Ключ к вечности», который может переместить одного человека в далёкое прошлое для борьбы с захватчиками. Этим человеком оказывается Сэмюел Стоун.

Сюжет следующего эпизода, «The Second Encounter» (русское название — «Второе пришествие»), начинается там, где окончилась оригинальная часть игры. Летающая тарелка, на которой улетел Сэм в финале предыдущей игры, оказывается сбита разработчиками игры, которые врезаются в нее на летающем паровозе. Сэм терпит крушение в джунглях Центральной Америки.